Une nouvelle explosion secoua le bâtiment lorsque la porte de la chambre d'Alex D (Bjorn Ferris) s'ouvrit, laissant apparaître un soldat armé du Tarsus. Il lui jeta une arme de poing et lui demanda de le suivre. Un groupe de terroriste attaquait le bâtiment, et tous les élèves devaient rejoindre l'armurerie et la pharmacie pour s'équiper. Sans perdre un instant, Alex saisit l'arme que lui avait donné le soldat, et s'échappa dans le couloir à la suite de son garde du corps. Les deux hommes avançaient avec précaution à travers le bâtiment, lorsqu'une explosion sur le côté propulsa une grille d'aération à travers le corridor. Etourdi par la déflagration, le soldat n'eut pas le temps de réagir, et l'un des terroristes surgissant de la bouche d'aération l'abattit de plusieurs coups de feu.  

Grâce à ses réflexes aiguisés par nanotechnologie, Alex réagit plus vite que l'attaquant lorsqu'il se tourna vers lui, lui tira dessus, et l'homme s'écroula dans le couloir, près du soldat. Au milieu de ce chaos, il essaya d'analyser la situation, en gardant son sang froid.  

Ayant intégré l'academie Tarsus à l'âge de treize ans, Alex suivait depuis huit ans l'entrainement rigoureux qui devait faire de lui l'un des meilleurs soldats de la planète. Son academie appartenait à la Société de Sécurité Corporative, la SSC, qui était réputée pour former les meilleurs.  

Suite à la coupure du Hub vingt ans plus tôt par JC Denton, qui avait paralysée toute communication et plongé le monde dans une profonde Crise économique, les sociétés de protection telles que la SSC avaient connu un essor considérable. Chad Dummier, ancien leader du groupe terroriste Silhouette, avait fondé cette société et mis en place l'entraînement que suivaient toutes ses recrues.  

Mais si le sacrifice de JC Denton, mort dans l'explosion de la zone 51 avec Bob Page selon la version officielle, avait permis à l'époque de mettre un terme aux agissements de l'UNATCO, aujourd'hui, de nouveaux groupes terroristes promouvant l'élévation spirituelle, combattaient la nanotechnologie et étaient donc particulièrement hostiles à la formation de ces soldats "améliorés".  

Lorsqu'il avait été sélectionné pour faire partie de la nouvelle promotion Tarsus de Chicago, Alex avait été très fier de pouvoir bientôt protéger le monde dans lequel il vivait. Le programme du Tarsus empêchant tout contact de ses recrues avec l'extérieur durant les neuf années de formation, la séparation avec ses parents adoptifs avait été dûre, mais eux aussi étaient fiers de leurs fils.  

La veille le Docteur Leila Nassif (Laura Hess), qui suivaient les recrues depuis toutes ces années, avait fait évacuer l'academie de Chicago, à cause d'une menace terroriste dont ils avaient eut vent. Les recrues avaient embarqué à temps à bord d'hélicoptères, avant qu'un terroriste kamikaze ne fasse exploser une bombe à nanites en plein coeur de la ville, la réduisant littéralement à l'état de cendres. Depuis l'hélicoptère, Alex avait assisté impuissant à ce spectacle de désolation, en ayant une pensée pour ses parents adoptifs qui se trouvaient sans doute là, parmi les nombreuses victimes.  

Alors à présent que l'Ordre, le plus important groupe terroriste, s'en prenait à l'académie de Seattle où les recrues de Chicago s'étaient réfugiées, Alex était bien décidé à se défendre et à venger tous ces innocents qui avaient été tués.  

Abattant les terroristes qui se trouvaient sur son chemin, il avança jusqu'à l'armurerie, pour s'équiper d'avantage. Il fut soulagé d'y retrouver Billie Adams (Dia Fox), une autre recrue de l'académie avec qui il était très ami. Cependant, alors qu'ils s'équipaient tous les deux, elle lui fit une proposition qui le surprit : s'enfuire.  

Elle lui raconta qu'elle avait été contactée par l'Ordre à Chicago, qui lui avait révélé que le Tarsus utilisait en fait ses recrues pour faire différentes expériences, afin d'améliorer la nanotechnologie, et développer un nouveau genre d'amélioration : les biomodifications. Ils n'étaient en fait que des cobbayes, rien de plus. Profitant de cette attaque, Billie se préparait donc à quitter le bâtiment pour rejoindre l'Ordre dans son combat.  

Alex ne voulut pas la croire, et refusa de la suivre. L'Ordre n'était qu'un groupe de terroristes, leur présente attaque le prouvait, et il était persuadé d'être du bon côté. Pour finir de le convaincre, son amie lui conseilla alors de retourner à sa chambre, et de regarder au plafond. Avant de disparaitre dans un couloir, elle lui donna une dernière information. S'il voulait les rejoindre, il allait devoir contacter Lin-May Chen (Lily Vinding), la Grande Prophétesse de l'Ordre. Il trouverait une Eglise de l'Ordre dans le Bas-Seattle, à partir d'où il pourrait communiquer avec cette femme.  

Intrigué, Alex repartit en direction de sa chambre, après s'être équipé de plusieurs armes, et être passé à la pharmacie pour recharger ses cellules nanotechnologiques. Il traversa les couloirs dans lesquels gisaient de nombreux corps, sous la lumière clignotante des plafoniers qui avaient été détériorés dans l'attaque. En observant ce spectacle, il ne pouvait accepter que ceci était le fruit de gens voulant faire le bien.  

Pourtant, ce qu'il vit lorsqu'il arriva dans sa chambre et qu'il observa le plafond de la pièce l'intrigua au plus haut point. Ce qu'il avait toujours cru être un plafond classique, était en fait une vitre transparente, de l'autre côte de laquelle se trouvait une pièce, surplombant les chambres de toutes les recrues, et depuis laquelle le Dr Leila Nassif l'observait. Dans l'attaque, le système qui rendait cette vitre opaque pour celui qui se trouvait dans la pièce avait été détruit, révélant ce qui se trouvait de l'autre côté.  

Le Docteur s'adressa alors à Alex. En effet, les membres de l'académie gardaient toujours un oeil sur leurs recrues, mais cela ne donnait pas pour autant raison à Billie. Leila Nassif avait entendue ce que la jeune recrue avait raconté à Alex. Il ne devait pas se laisser tromper par l'Ordre comme Billie l'avait été. La situation étant critique, le Docteur Nassif décida alors qu'Alex était apte à aller sur le terrain. Il avait presque atteint la fin de sa formation, et était la meilleure recrue de cette promotion. Elle avait toute confiance en lui.  

Elle lui confia alors une mission, celle d'infiltrer l'Ordre pour le compte de la SSC, à qui il livrerait les informations qu'il découvrirait sur l'organisation terroriste. Il pourrait alors mettre fin à ce conflit qui avait déjà duré trop longtemps, et fait trop de victimes.  

Alex ne savait plus vraiment qui croire, mais il accepta cette mission. Les déclarations que lui avait faites Billie l'intriguaient, d'autant plus que ce qu'elle lui avait affirmé à propos de sa chambre s'était confirmé. Pourtant, il comprenait difficilement comment un groupe qui disait vouloir faire le bien pouvait lancer une telle attaque sur une ville et une académie.  

Les soldats de l'Ordre ayant quitté les lieux, il quitta les locaux de l'académie et rejoignit le Haut-Seattle. Pour la première fois depuis bientôt dix ans, il était libre, lui qui avait passé presque la moitié de sa vie enfermé entre les murs de l'académie.  

Mais à présent, il se trouvait également confronté à un choix difficile. Qui devait-il croire ? Devait-il rejoindre l'Ordre comme l'avait fait Billie, ou devait-il remplir la mission que lui avait confié le Dr Nassif ?  

Dans le doute, il décida de ne prendre encore aucune décision, et de jouer sur les deux tableaux. La première chose à faire était de rejoindre l'Ordre, en trouvant cette église située dans le Bas-Seattle. Il pourrait à la fois oeuvrer pour l'Ordre, tout en donnant des informations à la SSC comme le lui avait demandé le Dr Nassif. Ainsi, en la jouant finement, il resterait dans les deux camps, et verrait plus tard lequel lui inspirerait plus confiance.  

L'Eglise de l'Ordre se trouvait dans un hangar désaffecté du Bas-Seattle. Lorsqu'il entra, il y retrouva son amie qui l'amena dans une pièce dans laquelle se trouvait un holocube, grâce auquel il entra en communication avec la dénommée Lin-May Chen, que le lui avait conseillé Billie.  

La première chose qu'il fit fut de lui demander des comptes, à propos de cette attaque contre l'académie. Comment un groupe qui disait oeuvrer pour la sérénité de l'esprit pouvait-il commettre un pareil acte. Selon la Grande Prophétesse, la situation leur avait échappé. Le capitaine qui avait pour mission de prendre d'assaut l'académie avait reçu pour ordre de ne faire aucune victime, mais avait désobéi. Il avait à présent disparu.  

L'Ordre le soupçonnait d'être un traitre. Lin-May Chen demanda alors à Alex de retrouver le Capitaine Lamar (Mark Owens) et de découvrir la vérité à propos de tout ça. Pour l'aider, elle mettait Sid Black (Giovani Morenzia) à sa disposition, un pilote, qui pourrait l'amener où il voulait.  

Alex accepta la mission, ce dénommé Lamar pouvant peut-être l'éclairer sur la situation. Car s'il était un traître pour l'Ordre, et s'il avait ainsi attaqué l'académie, peut-être possédait-il des éléments sur les deux organisations qui lui permettrait de voir plus clair, et de voir enfin en qui il pouvait avoir confiance.  

Dans cette guerre opposant le SSC et l'Ordre, Alex n'imaginait pas qu'il allait être un élément décisif, et que son choix allait avoir un impact capital sur les termes du conflit.  

(Script original, adaptation du jeu "Invisible War" de Ion Storm)