C'est d'extrème justesse que Samus Aran (Shannon Paulson) avait pu quitter la station Yokoi après son affrontemment avec Dark Samus (Shannon Paulson). Elle avait pensée que s'en était finit de cette "Dark Samus" mais très vite, à la tête des pirates de l'espace, Dark Samus avait repris sa croisade contre les scientifiques travaillant sur les larves Metroid.  

Alors que Dark Samus l'avait gravement bléssée, Samus n'avait pas pu faire grand chose contre son double. Pour mieux comprendre cela, Samus décide de retourner sur K-2L pour demander conseil à son père adoptif le shaman Chinmay (Jason Molchany). Une fois au camp des Chozos, Samus parla des derniers événements à Chinmay: Les massacres de scientifiques et des larves Metroid, La destruction de la station Yokoi et surtout l'identité de la personne dans l'armure noire. En fait, Chinmay expliqua à Samus que Dark Samus était son coté sombre, sa part d'ombre. Traumatisée par le meutre de ses parents, Samus a dévéloppé un rage et une haine énorme contre les scientifiques et les larves Metroid car c'était les responsables de la venue des pirates de l'espace. Et l'intensité de l'affrontemment contre Mother Brain a dû ouvrir une bréche vers le monde des ténèbres, ce qui a eu pour effet de matérialiser le coté sombre de Samus! Cette Dark Samus n'a pas de limite morale et fait ce que Samus n'aurait jamais était capable de faire: Détruire les larves Metroid et massacrée des hommes et des femmes! Mais en voulant les détruire, Dark Samus ne se rend pas compte que, avec comme alliés les pirates de l'espace, elle ne fait que reproduire le massacre de ses parents!  

Samus est étonnée que Chinmay en sache autant mais le vieux shaman lui explique que il y a des récits détaillés dans les légendes Chozos sur L'Elue. Car pour lui, Samus est L'Elue et c'est elle qui un jour réussira à détruire les pirates de l'espace et leur maitre spirituel Mother Brain. Mais avant cela, Samus devra faire face à Dark Samus. Pour pouvoir la renvoyer dans les limbes ténébreuses. La seule arme capable de cela, c'est le Phazom, un canon-laser qui se trouve dans le monde des ténèbres. Et Samus devrat aller chercher cette arme si elle veut détruire son coté sombre. Mais Samus ne sait pas comment atteindre le monde des ténèbres! Chinmay lui le sait et avec un rituel shamanique, Samus s'endort d'un sommeil qui seconde après seconde la rapproche de la mort...  

Quand elle ouvre les yeux, Samus ne porte plus son armure et le camp des Chozos est une ruine. Tout est déformé et sombre ce qui met Samus assez mal à l'aise. Elle avance, sans savoir où elle va, et se retrouve vers les ruines du laboratoire où ses parents furent tués. Une femme attendait devant ce qu'il restait de l'entrée. Cette femme semblait familière à Samus et d'un coup, elle l'a reconnue: C'était Arella Aran(Laura Reviglio), sa mère! Elle explique à Samus que si elle est venue pour le Phazom, elle devra subir des tests qui vont mettre son courage à l'épreuve.  

Samus entre dans les ruines et tombe face à face avec une petite fille apeurée, poursuivie par des pirates de l'espace menés par Kassill Hor(Daniel Richardson).Evidemment Samus affronte les pirates et lorsqu'elle se retourne, elle est seule dans les ruines. Elle continue à avancer et voit ses parents massacrés par les pirates mais elle ne peut pas bouger ni crier. Et encore une fois, tout disparait. Samus se dit que si cela continu à ce rythme, elle va devenir complètement folle! Dans la salle suivante, Samus se rend compte qu'elle porte une armure étrange et se retrouve face à Mother Brain: Cette monstruosité lui explique que même si une fois Samus a triomphé, cette fois c'est la fin pour elle! Elle se retrouve face à Mother Brain, son armure abimée, le casque en miettes, le goût du sang dans la bouche. Elle sait que ce sera sa dernière tentative. Elle se précipite vers l'abomination et tire. Le sang visqueux de Mother Brain l'éclabousse et une explosion se produisit, la projetant violemment au sol. Par terre, entourées des morceaux de Mother Brain. C'est là qu'une ombre se précipite et l'étrangle, serrant toujours plus fort...  

C'est Dark Samus qui tente de la tuer! Mais Samus repense à ce que Chinmay lui a dit et se calme et laisse la haine la quitter. Et quand Samus r'ouvre les yeux, elle est seule et Mother Brain et Dark Samus ont disparu. Et au milieu de la salle se trouve sur un autel le fameux Phazom! Samus s'en empare et tombe au sol...  

Elle se réveille, seule, dans la demeure de Chinmay. Et à coté d'elle, le Phazom. Elle sort précipitamment et retrouve Chinmay devant la porte: Il était persuadé que sa fille adoptive saurait revenir des méandres des ténèbres! Le Phazom est une arme puissante mais c'est le voyage vers les Ténèbres et l'acceptation de la mort de ses parents qui permettra à Samus de vaincre Dark Samus!  

Avec le Phazom et sa nouvelle sérénité, Samus se dirige vers la planète Minara, là où la dernière des larves Metroid est conservée. A son arrivée, Samus se voit confier les soldats envoyés par la Police de l'espace pour repousser l'attaque des pirates et protéger par tous les moyens la dernière larve. Lorsque le jour se couche, Samus est prévenue par ses soldats que sur les collines surplombant le laboratoire, des milliers de pirates de l'espace se préparent à l'attaque! Grace à son casque, Samus aperçoit à la tête des pirates Dark Samus ainsi que son lieutenant Ridley (Klaus Kruger). Ce combat sera violent et sans pitié et Samus le sait! Mais ce qu'elle sait c'est surtout que ce sera l'ultime affrontemment entre elle et Dark Samus, son alter-ego des Ténèbres...  

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Dernier volet de la trilogie librement adaptée des jeux "Metroid". Après Gérard Cousin et David Chan, cet ultime film est réalisé par Jessica Dekien (L'Attaque Des Martiens De L'Enfer)! Shannon Paulson interprétera, comme dans "Metroid 2", les rôles de Samus et de Dark Samus, Jason Molchany est de nouveau le shaman Chinmay, Klaus Kruger est Ridley, Daniel Richardson est Kassill Hor et Laura Reviglio redevient Arella, la mère de Samus!