Elle se retrouve face à Mother Brain, son armure abimée, le casque en miettes, le goût du sang dans la bouche. Elle sait que ce sera sa dernière tentative. Elle se précipite vers l'abomination et tire. Le sang visqueux de Mother Brain l'éclabousse et une explosion se produisit, la projetant violemment au sol. Par terre, entourées des morceaux de Mother Brain. C'est là qu'une ombre se précipite et l'étrangle, serrant toujours plus fort...  

Samus Aran (Shannon Paulson) se réveille en sueur: C'est encore ce cauchemar! Depuis son combat contre Mother Brain, il y a deux ans, elle fait ce cauchemar. En fait, depuis ce combat, elle se sent "changée" et plus calme: Maitenant lorsqu'elle traque les criminels, elle essaye toujours de les ramener vivants aux autorités alors qu'avant, c'était toujours des cadavres qu'elle ramenait... De plus, d'étranges souvenirs lui viennent à l'esprit comme ceux d'un laboratoire, de scientifiques en blouses blanches qui semblent être ses parents.  

Choses impossible: Elle vient d'une tribu Chozos, de la planète K-2L. Son père est le shaman de cette tribu, le grand Chinmay (Jason Molchany). Ce sont d'ailleurs les Chozos qui lui ont fabriqués sa fameuse armure pour lui permettre de devenir chasseur de primes. Mais Samus se sent complétement perdue et décide d'aller sur K-2L, retrouver les siens. Mais un message prioritaire de la police de l'espace lui demande d'intervenir sur le vaisseau scientifique BNT-5777, transportants des larves Metroid.  

Samus se rend sur le vaisseau et doit affronter un escadron de pirates de l'espace mené par Ridley (Klaus Kruger), qu'elle croyait mort depuis le combat contre Mother Brain. Bien vite, l'affrontemment tourne à l'avantage de Samus mais un être portant une armure identique à la sienne mais noire, vient en aide aux pirates et finalement, Samus est laissée pour morte par les pirates. Gravement blessée, Samus décide tout de même de vérifier s'il n'y a pas de survivants et comprendre pourquoi les pirates sont venus voler les larves Metroid. Mais dans le laboratoire du vaisseau, elle ne trouve que des cadavres. Ce qui la trouble vraiment, c'est que cela ressemble beaucoup à ce qu'elle voit dans ses souvenirs et pourtant elle sait qu'elle n'a jamais eu accés à des laboratoires scientifiques... L'autre surprise, c'est que les larves Metroid n'ont pas étaient volées mais détruites! En fait les pirates sont venus exterminés les scientifiques et les larves. Mais dans quel but? Se trainant jusqu'a son vaisseau, Samus programme la destination de la planète K-2L pour retrouver les siens.  

A son reveil elle se trouve dans la l'habitation troglodyte de Chinmay. Ell ne se souvient même pas comment elle a quitté le vaisseau pour rejoindre son père. Soignée grace aux connaissances médicales millénaires de son père, Samus lui parle de ses cauchemars, des souvenirs étranges et de cette personne possédant la même armure qu'elle. Pour Chinmay, tout est normal: Les souvenirs ont enfin refait surface! Car Samus n'est pas sa fille mais elle est l'enfant de deux grands scientifiques, experts des larves Metroid. Samus ne peut y croire et Chinmay lui propose d'aller aux ruines du laboratoire, non-loin du camp Chozos. Devant les ruines, le shaman explique à sa fille adoptive que des pirates de l'espace ont attaqué le laboratoire pour voler des larves Metroid et pour ne laisser aucun témoin, ils ont massacré tout le monde. Mais le docteur Arella Aran (Laura Reviglio) cacha sa fille de 3 ans, espérant que les pirates ne la trouveraient pas.  

C'est plusieurs jours après que Chinmay passa et trouva cette petite fille. Il la ramena au camp et l'éleva comme son propre enfant. Samus n'en croyait pas ses oreilles mais tout cela n'expliquait pas la personne à l'armure noire! Chinmay lui dit qu'elle devra le découvrir seule mais que l'affrontement est inévitable et seul l'une d'entre elles survivra et que c'est par la traque des pirates de l'espace qu'elle découvrira la vérité...  

Samus quitte K-2L troublée mais bien décidée à en découdre avec les pirates. Mais pour les trouver, elle va avoir besoin d'aide. C'est sur la planète pénitencière Jail-666 que Samus se rend. C'est là que Kassill Hor (Daniel Richardson), le capitaine pirate que Samus a arrété sue Zèbes, attend son exécution. Samus a négocié avec la police de l'espace et si Kassill Hor l'aide, sa peine de mort sera commuée en détention à perpétuité. Kassill refuse mais lorsque Samus lui parle du nouveau chef des pirates, la personne à l'armure noire et de son ancien lieutenant Ridley, pour Kassill, s'en est trop: Nul ne peut prétendre à ce titre tant qu'il est vivant et un opportuniste comme Ridley mérite la mort!  

Durant ce temps, les laboratoires scientifiques de toute la galaxie sont attaqués par les pirates et les scientifiques comme les larves Metroid sont toujours retrouvés morts. Un message de détresse provenant de la station Yokoi-1997, en orbite au dessus de la planète Auras, est adressé à toute personne pouvant les aider: Les pirates viennent de débarquer et les soldats sur Yokoi ne pourront pas tenir bien longtemps!  

Samus et Kassill s'y précipitent et une fois sur place, très vite le combat s'engage! Samus se fraye un passage, à la recherche du chef à l'armure noire. Elle le trouve dans la salle des machines. Samus se retrouve face au chef des pirates et lui demande de retirer son casque. Le chef accepte et retire son casque: Samus n'en croit pas ses yeux! C'est son visage! Puis son "double" lui parle, et c'est sa voix, de plus Dark Samus (Shannon Paulson) détruisit les moteur permettant à la station de résister à l'attraction de Auras: Désormais, la station est en chute libre vers Auras! Dark Samus remet son casque et l'affrontement entre Samus et son double s'engage, dans cette station en perdition...  

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Deuxième épisode de la trilogie librement adaptée des jeux "Metroid", ce film fait apparaitre un personnage venant du jeu "Metroid Prime 2: Echoes", Dark Samus! Mais comme vous le verrez dans le troisième film, ses origines sont complètement différentes de celles du jeu! Réalisé par David Chan, un spécialiste de la science-fiction (Space Commando, Mobilisation pour la Confédération), les acteurs du premiers film Shannon Paulson, Daniel Richardson et Klaus Kruger sont là, rejoint par Jason Molchany (Wendigo) et Laura Reviglio (Galactic Western: L'Or Du Vieux Slim)!