-Tokyo, dans un futur proche- Les immenses tours de verres de la puissante capitale Japonaises se dressent fièrement dans la nuit. Mais derrière ces "façades", les syndicats du crime prospèrent. Chaque clan devient de plus en plus puissant grâce aux nouvelles armes et aux implants cybernétiques dont les Yakuzas raffolent: En fait, ces porte-flingues "hybrides" font régner la terreur dans les bas-fonds de Tokyo.  

Souvent en conflits, les différents clans ont l'habitude de faire appel à Noboru Suzuki (Kong Takami), un assassin ninja extraordinaire. Descendant d'une lignée millénaire, exerçant l'art de l'assassin, Noboru a été formé depuis l'enfance pour tuer de toutes les manières possibles: A mains nues grâce à divers arts-martiaux ou à l'arme blanche...  

Le clan des assassins avait toujours bénéficié d'une sorte de protection: Tout le monde faisait appel à ses services et personne ne s'en prenait à eux...  

Depuis peu, le clan Ottogami est dirigé d'une poigne de fer par Toshio Ottogami (Barry Nathanson), un être violent et fou. Se moquant des règles ancestrales, il fait massacrer les dirigeants des autres clans de manières sanglantes et fait de même avec le clan des assassins. En quelques semaines, Tokyo est transformé en véritable champs de bataille où les Yakuzas du clan Ottogami, accompagnés par des cyborgs de combats, ravagent les fiefs des autres clans. Noboru avait réussi à s'en sortir mais il était désormais le dernier survivant du clan des assassins.  

C'est grâce à l'aide de Urumi (Lou Rosenmeyer), une jeune étudiante, que Noboru réussit à survivre. Mais une rage en lui le force à chercher à détruire le clan Ottogami. Sautant de building en building grâce à ses capacités martiales et à ses "gadgets", Noboru arrive sur le toit du bulding des Ottogami. Il passe sans difficulté les premières sécurités mais est confronté à deux cyborgs de combats: Après un combat rude et éprouvant, il les tranche en deux avec son sabre! Mais lorsqu'il se retrouve face à Toshio, il doit faire face à la garde du corps personnelle du "parrain": Yoko XXX-666 (Pamela Yuan). Ce cyborg ultra-sophistiqué a les formes d'une magnifique jeune femme mais c'est en fait une machine à tuer diabolique! Le combat est violent et rapide, Noboru est surpassé en tout et c'est dans une mare de sang qu'il attend le coup de grace. Mais Toshio Ottogami fait venir ses cyborgs de combats et ses Yakuzas: Il veut que Noboru soit "mitraillé" à mort! Comprenant le sort que le clan Ottogami lui réserve, Noboru préfére se précipiter et traverse la baie vitrée, chutant entre les immeubles de verre.  

Se préparant à la mort, Noboru est serein. Mais le destin en décida autrement: Noboru fut sauvé par Kageyama, un ancien scientifique de l'armée spécialiste dans les implants cybernétiques. Dans sa chute, Noboru perdit un bras et une partie de son visage. Sur la demande de Noboru, Kageyama fit venir Urumi. Elle supplia Noboru d'accepter que le scientifique lui mette des implants. Noboru finit par céder et s'endort, sachant qu'il sera différent à son réveil. Yoko XXX-666 ainsi que des yakuzas cherchent le corps de Noboru. Toshio Ottogami est fou de rage que cet assassin se soit enfui et s'il est mort, Toshio veut voir ses restes.  

Yoko XXX-666 trouvent Kageyama et Urumi entourant le corps modifié de Noboru: Elle les massacre impitoyablement! C'est à se moment que Noboru se réveille: Et c'est avec horreur que son bras droit se transforme en sabre et frappe Yoko XXX-666! L'implant que Kageyama lui a mis est fait d'un métal composé de nano-organisme, faisant prendre la forme que leur propriétaire veut! Noboru doté de ses nouveaux pouvoirs et réflexes, commence donc un combat pour venger son clan ainsi que Kageyama et Urumi, qui n'aura de fin que lorsque qu'il prendra la tête de Toshio Ottogami...  

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Film de science-fiction et d'action, "Ninja Assassin" constitue la première collaboration entre le réalisateur Irako Yakushi et les studios Gérard Cousin Prod! Les personnages principaux de cette histoire sont interprétés par Kong Takami, Barry Nathanson, Pamela Yuan et Lou Rosenmeyer! Suivez Noboru dans ce Tokyo sombre et high-tech pour qu'il puisse accomplir sa vengeance!